Certyfikat bezpieczeństwa w części B jest dokumentem potwierdzającym przyjęcie przez przewoźnika kolejowego uregulowań wewnętrznych, ukierunkowanych na zapewnienie zdolności do bezpiecznego wykonywania przewozów kolejowych na sieci kolejowej danego państwa członkowskiego Unii Europejskiej. W odróżnieniu od części A certyfikatu przewoźnik może posiadać kilka certyfikatów bezpieczeństwa w części B, umożliwiających realizację przewozów w kilku krajach.
W ramach procesu certyfikacji bezpieczeństwa w części B weryfikowana jest zdolność podmiotu do bezpiecznego prowadzenia działalności z wykorzystaniem procedur przyjętego systemu zarządzania bezpieczeństwem, w ramach uwarunkowań charakterystycznych dla danej sieci kolejowej, w tym m.in. przepisów krajowych związanych np. z kompetencjami personelu.
Analogicznie jak w przypadku procesu wydawania certyfikatu bezpieczeństwa w cz. A, cz. B certyfikatu jest wydawana w oparciu o kryteria wynikające z treści rozporządzenia Komisji (UE) nr 1158/2010, zawarte w załączniku III.
Zgodnie z art. 35 § 3 Kodeksu postępowania administracyjnego wydanie certyfikatu bezpieczeństwa w cz. B powinno nastąpić nie później niż w ciągu jednego miesiąca od złożenia kompletnego wniosku.
Należy również zaznaczyć, że w przypadku dokonania zmian dotyczących rodzaju i zakresu prowadzonej działalności, wprowadzenia nowej kategorii personelu lub nowego typu pojazdów kolejowych przewoźnik kolejowy zobowiązany jest do bezzwłocznego zawiadomienia o tym fakcie Prezesa UTK. Istotne zmiany dotyczące rodzaju i zakresu działalności wymagają zmiany certyfikatu bezpieczeństwa w całości lub w części.
Prezes UTK może również wezwać do przeprowadzenia zmiany odpowiedniej części certyfikatu bezpieczeństwa po każdej zmianie krajowych i międzynarodowych przepisów dotyczących bezpieczeństwa sektora kolejowego. W uzasadnionych przypadkach Prezes UTK może również cofnąć certyfikat bezpieczeństwa w całości lub w części.