Po ubiegłorocznej „dużej” nowelizacji ustawy o transporcie kolejowym w kompetencji Prezesa UTK leży m.in. zatwierdzenie projektu cennika w części dotyczącej sposobu ustalania stawki jednostkowej opłaty podstawowej i manewrowej. Decyzja o zatwierdzeniu lub odmowie jest publikowana w Dzienniku Urzędowym Prezesa Urzędu Transportu Kolejowego. 6 lipca 2017 r. Prezes UTK odmówił PKP Polskie Linie Kolejowe S.A. zatwierdzenia projektu cennika uznając, że jest on niezgodny z obowiązującymi przepisami prawa.
Głównymi nieprawidłowościami odmowy wskazanymi w decyzji było przyjęcie kosztów nie stanowiących kosztów bezpośrednich wynikających z rzeczywistego zużycia infrastruktury kolejowej jako rezultatu przejazdu pociągu lub manewrów oraz przyjęty dobór współczynników korygujących średnią stawkę dostępu nie odzwierciedlający rzeczywistego stopnia zużycia infrastruktury oraz kosztów utrzymania i remontów infrastruktury kolejowej.
W przypadku odmowy zatwierdzenia cennika zarządca może ponownie opracować projekt cennika i poddać go akceptacji Prezesa UTK lub zastosować cennik obowiązujący w poprzednim okresie rozkładu jazdy. Spółka postanowiła skorzystać z drugiej możliwości i zastosować dotychczasowy cennik.
Ubiegłoroczny cennik został zatwierdzony po skorygowaniu założeń dla stawek jednostkowych opłaty podstawowej za minimalny dostęp do infrastruktury kolejowej dokonanych przez zarządcę na wniosek Prezesa UTK. Efektem tych działań było obniżenie średnich stawek opłaty podstawowej za minimalny dostęp do infrastruktury kolejowej o 3,16% w przypadku transportu pasażerskiego oraz o 2,46% w przypadku transportu towarowego.