Prezes Urzędu Transportu Kolejowego prowadzi stałą współpracę zarówno z instytucjami właściwymi w zakresie kolejnictwa reprezentującymi poszczególne państwa członkowskie jak i instytucjami oraz podmiotami z państw trzecich. Współpraca ta ukierunkowana jest w głównej mierze na wymianę informacji i doświadczeń, ujednolicenie sposobów działania oraz budowanie wzajemnego zaufania między podmiotami właściwymi w obszarze transportu kolejowego.