Prezes Urzędu Transportu Kolejowego, pełniąc funkcję krajowego regulatora rynku kolejowego (Regulatory Body) oraz organu odpowiedzialnego za nadzór nad przestrzeganiem praw pasażerów (National Enforcement Body), prowadzi stałą współpracę ze strukturami Komisji Europejskiej odpowiedzialnymi za zagadnienia licencjonowania przedsiębiorstw kolejowych, regulacji rynku kolejowego, oraz nadzór nad przestrzeganiem praw pasażera w transporcie kolejowym. Pierwotnie współpraca prowadzona była w ramach Dyrekcji Generalnej Komisji Europejskiej ds. Transportu i Energii (DG TREN), która od dnia 1 marca 2010 r. została zastąpiona przez Dyrekcję Generalną ds. Mobilności i Transportu (DG MOVE).
Obowiązek prowadzenia współpracy w przedmiotowym obszarze, wynika z treści art. 31 Dyrektywy 2001/14/WE Parlamentu Europejskiego i Rady z dnia 26 lutego 2001 r., zgodnie z którym krajowe urzędy regulacyjne wymieniają informacje o swojej pracy oraz zasadach i praktyce podejmowania decyzji, w celu koordynacji prowadzonych przez nie działań na obszarze Wspólnoty. Działalność ta, wspierana jest przez Komisję Europejską, między innymi poprzez zapewnienie funkcjonowania specjalistycznych grup roboczych, stanowiących forum wymiany informacji w zakresie regulacji rynku kolejowego pomiędzy właściwymi instytucjami reprezentującymi poszczególne państwa członkowskie.
Obowiązek współpracy w zakresie nadzoru nad przestrzeganiem praw pasażera wynika natomiast bezpośrednio z treści art. 31 Rozporządzenia 1371/2007 Parlamentu Europejskiego i Rady, z dnia 23 października 2007 r. Zgodnie z jego treścią organy odpowiedzialne za egzekwowanie przepisów rozporządzenia, zobowiązane są do wymieniania między sobą informacji dotyczące swojej pracy, kryteriów decyzyjnych oraz praktyk, w celu koordynacji podejmowanych decyzji na obszarze Wspólnoty.
Urząd Transportu Kolejowego nawiązał ścisłą współpracę ze strukturami Komisji Europejskiej, właściwymi w zakresie regulacji rynku kolejowego wraz z uzyskaniem przez Polskę członkostwa w Unii Europejskiej. Aktualnie Urząd Transportu Kolejowego prowadzi stałą współpracę z trzema niżej wymienionymi grupami roboczymi:
GRUPY ROBOCZE W RAMACH KOMISJIEUROPEJSKIEJ