System opłat za dostęp do infrastruktury opiera się na ustawie z dnia 28 marca 2003 r. o transporcie kolejowym  (Dz. U.z 2007 r. Nr 16, poz. 94 z późn. zm.)

Do zadań Prezesa UTK, w zakresie regulacji transportu kolejowego, należy:

1. zatwierdzanie i koordynowanie opłat za korzystanie z przyznanych tras pociągów infrastruktury kolejowej pod względem zgodności z zasadami ustalania tych opłat;
2. nadzór nad zapewnieniem równości dostępu przewoźników kolejowych do infrastruktury kolejowej;
3. nadzór nad równoprawnym traktowaniem przez zarządców wszystkich przewoźników kolejowych, w szczególności w zakresie rozpatrywania wniosków o udostępnienie tras pociągów i naliczania opłat;
4. nadzór nad poprawnością ustalania przez zarządcę opłat podstawowych za korzystanie z infrastruktury kolejowej oraz opłat dodatkowych za świadczenie usług dodatkowych;
5. rozpatrywanie skarg przewoźników kolejowych dotyczących:
   1. regulaminu, o którym mowa w art. 32,
   2. przydzielania tras pociągów i opłat za korzystanie z infrastruktury kolejowej;
6. zbieranie i analizowanie informacji dotyczących rynku przewozów kolejowych;
7. współdziałanie z właściwymi organami w zakresie:
   1. przeciwdziałania stosowaniu praktyk monopolistycznych przez zarządców i przewoźników kolejowych,
   2. koordynowania funkcjonowania rynku transportu kolejowego;
8. nakładanie kar pieniężnych na zasadach określonych w ustawie.

Prezes UTK w terminie 30 dni od dnia otrzymania stawek, o których mowa w ust. 7, zatwierdza je albo odmawia ich zatwierdzenia w przypadku stwierdzenia niezgodności z zasadami, o których mowa w ust. 2–6, art. 34 oraz przepisami wydanymi na podstawie art. 35.